La Universidad de los Llanos elabora y pone en práctica el Proyecto Educativo Institucional (PEI), con el fin de lograr la formación integral del educando, en el que se especifican entre otros aspectos, los principios y fines de la Universidad, los recursos docentes y didácticos disponibles y necesarios, la estrategia pedagógica, el reglamento para docentes y estudiantes y el sistema de gestión, todo ello encaminado a cumplir con las disposiciones de la ley 30 de 1992.

El PEI fue aprobado mediante Acuerdo Superior N° 20 del año 2000. En cumplimiento de la ley en mención y los lineamientos generales del Sistema Nacional de Acreditación.